Я проживаю в Германии, но внж ещё не выдали. Подскажите, пожалуйста, может ли моя дочь приехать ко мне транзитом через Эстонию ( у неё Эстонская виза )?

Дочь вакцинирована? вы на каком основании в Германии? ваш статус там какой?

Проблем не будет у дочери с выездом к Вам из РФ по земле, если у Вас есть немецкий документ с конкретным адресом проживания ("прописка"), и свидетельство о браке с гражданином Германии (т. к. в распоряжении 763-Р не говорится об обязательном ВНЖ родственника, к которому человек едет, а только о праве на проживание в иностранном государстве). Далее все просто - въезд в Эстонию со Спутником, тест в Таллине, заполнение Einreiseanmeldung и полет в Германию (карантина не будет, если в Einreiseanmeldung указать исключение "визит к матери" и загрузить туда тест).