Подскажите пожалуйста, сын студент не получил ещё новое ВНЖ Чехии, в паспорте стоит мульти виза типа D на момент рассмотрения заявления о продлении. Пустят ли его обратно из РФ в Чехию через Эстонию или Латвию по этой визе?

Если виза действительна, то должны пустить.

"С визой "D" Вы можете вьезжать в Эстонию т.к. номинально на такие визы не вводились ограничения. Имейте с собою документы-основания по которым Вам одобрили визу "D", и подтверждение активного учебного статуса в Германии (Studienbestätigung; Leistungsbericht, Anmeldung für Semester oÄ.); выполняйте общие требования по вьезду и пребыванию в Эстонии. Требования немедленного транзита для Вас нет."

Если она не однократная, пустят