Кто нибудь сталкивался с работой через PayPal и оплатой налогов в Польше, как фирма/фрилансер/ИП? Какие там ставки налога используются?

Такие же, как и если бы работали по налу или через банк. У PayPal курс так себе, а каким образом Вы доход получаете - дело десятое. Важно, на какую сумму счёт или счет-фактура выставлен и плательщик ли Вы НДС. Если плательщик, то 23% сразу государству, разве что взаимозачтется в расходных фактурах.