какой резон регистрироваться в регистре народонаселения ЭР? Какие осязаемые плюшки это дает или что недоступно без подобной регистрации?

С ВНЖ вы обязаны быть где-то зарегистрированы, если я не ошибаюсь.

Как минимум - бесплатный проезд в общественном транспорте. И потом - тут налоги распределяются по месту жительства плательщика, а не нахождения компании. Не зарегистрированы - район в котором вы живете получит меньше денег на благоустройство, а это тоже важно.

Регистрация нужна для того, чтобы записаться к семейному врачу, детям в школу. В отдельных регионах всякие льготы есть, например, в Таллинне бесплатный транспорт, пособие на рождение ребёнка и всякое такое.

Плюс это доказательство того, что вы действительно живете в Эстонии.