где в Питере оплачивать просроченную( 3х месячную) регистрацию?

В Санкт-Петербурге или в Петропавловске? Так-то в миграционной полиции должны были сказать где именно оплатить.

Вы где регистрировались? У частного лица? Если так, то штраф ему будет, а не вам. Пусть у себя в госуслугах посмотрит.