Есть ли остановки в пути автобуса на границу Эстонии, где можно перекусить, или без остановок, только на таможню?

Перекусить вряд ли. Остановки на Эстонской стороне есть.

В автобусе бесплатная кофемашина (кофе, чай, какао) и дают бутылочку холодной воды (точнее, сами берете на сиденьях за водителем). Бутерброды и т. п. - с собой.

Берите с собой еду.