Нужно было на внутрений рейс, но по не знанию зарулили в аэропорту Барселоны на границу, через которую успешно пропустили, даже не спросив посадочные)

У меня так тоже было пару лет назад , ничего страшного не случилось в итоге в будущем.

Конечно, вам поставили вылет, с этого момента вы не в ЕС. А по условиям продления ВНЖ, вы не можете отсутствовать более 10 месяцев в первые 5 лет.

Случится когда будете подавать на первые 5 лет.