А кто-то в курсе, можно ли перемещаться внутри ЕС с сертификатом, который на почту прислали. Я имею ввиду самолетом. И вообще, будет ли его кто-то смотреть в аэропорту)

Перемещаться можно, могут посмотреть, да) если на паспортный контроль при возвращении в Португалию попадёте то могут, ну и ничего страшного.

Вы про временную защиту для граждан Украине, которую выдаёт Португалия? Да можно перемещаться, можно находиться в других странах Шенгена до 90 дней с данным документом, так как он приравнивается к ВНЖ в Португалии.