Скажите, пожалуйста, а когда автобус стоит на границе РФ-Эстония, это вообще как происходит? В бытовом плане.

По правилам во время стоянки и на границе туалет в автобусе должен быть закрыт. В реальности зависит от водителя. На обеих границах есть туалеты. Гулять по границе не разрешают особо. Это же ограниченная по доступности территория.

Ногами идёшь пять минут.

В автобусе обычно есть туалет, он работает. Плюс туалеты на самих кпп. Все сидят в автобусе и ждут. Нужно предупредить водителя что вы хотите выйти. Высадит наверное где-то в районе автостанции и оттуда пешком с горки до российского кпп (недалеко), потом мост, потом в горку на эстонский кпп.