Если я пересекаю границу Эстонии из РФ в Эстонию по немецкому внж можно ли говорит что я транзитом или что верно сказать. Спасибо.

Достаточно чего-то одного: или прививки, или пцр, или переболевшего. Если у вас немецкий внж, и вы едете в Германию, то так и говорите, что едете к себе в Германию через Эстонию. Не надо использовать слово "транзит". Просто забудьте это слово. Вы едете домой в Германию. Вот так.