есть кто у кого был реальный кейс прохождение границы с Эстонией с национальной визой D Германии по основанию "программа поздних переселенцев". Что показывать на РФ стороне что вы выпустили?

В распоряжении ничего о такой визе, как об основании для выезда, нет. Не знаю, кто вам утверждает, но явно кто-то не компетентный. Виза D - это долговременное пребывание, а не постоянное проживание. Были люди, кому удавалось проходить по визе D, но у них чаще были другие основания, типа учёбы и работы. Были и те, кого разворачивали с этой визой. Переселенцы там или ещё кто, Россию вообще не волнует. Поэтому я бы на вашем месте делал бы другое основание.