В Эстонии находясь внутри страны, визу D можно будет продлить ?

Думаю да, вай нат. Узнайте в полиции по этому вопросу.

Продлить можно, да, но в зависимости от вида работы. Плюс в законе об иностранцах прописано "Весь срок пребывания иностранца на основании долгосрочной визы не должен превышать 548 дней в течение последовательных 730 дней, если иное не установлено международным договором. " Эти дни придется считать вручную, очень много кто вылетает из страны не соблюдая этот пункт.