Помогите пожалуйста, я совсем запуталась, везде говорят разную информацию. В общем мне нужно в Эстонию на буквально 2 дня.

Если Франция даст однократный трехдневный шенген, то без нарушения визового режима скататься на 2 дня в Эстонию без заезда во Францию будет невозможно. Но если многократка долгосрочная будет то это возможно. Нет такого правила первого въезда. Шенген требует (в Вашем случае) только чтобы суммарное число фактически проведенных дней во Франции было больше по итогу всех поездок чем число дней в любой иной стране Шенгена. Можете сразу при подаче на визу указать что во Францию планируете поехать через Эстонию (что сейчас очень логично).