Вылетела из Сочи в Ереван по российскому паспорту, на паспортном контроле в Ереване потребовали загран и поставили штамп о въезде. Может создать проблему при дальнейшем использовании паспорта в п/портах России?

Это не имеет значения, если обратно вы полетите в таком же порядке: в Армении покажете загран, а в России - российский. Каждую страну, как правило, интересуют только штампики въезда/выезда в эту самую страну, чужие штампики редко кому нужны.