Если я приехал в Грузию на машине, зарегистрированной в другой стране ( EU) , чтобы не оплатить 50 лари / день, я должен покинуть Грузию до 90 дней.

Да, можно вернуться в тот же день. Но не забудьте, что если едете в Турцию, то нужно купить довольно дорогую страховку на авто (от 3 месяцев). Если вы надолго в Грузии, то иногда лучше получить грузинские номера на авто, либо смириться со штрафом и спокойно ездить на ваших номерах.