Как вы думаете, чем объяснить, что границы экономических районов обязательно совпадают с границами субъектов Федерации,

Районы экономики совпадают с федеративными, потому что и те, и другие, создали люди. Такое деление очень удобно для хозяйствования. Природные - создавались самостоятельно, поэтому их разграничивание зависит от естественных факторов, например, от климата или состояния тектонических плит, а не от решений человека.