Вопрос, если я хочу привезти из Японии декоративную катану с сертификатом и чеком магазина, то какова вероятность, что её завернут на таможне при въезде в Россию?

Берете где покупаете бумажку что это не оружие. В аэропорту тащите ее с катаной таможеннику. Они ее поглядят и запечатают в тубус с красными иероглифами "Не оружие". Дальше несете ее отдельно сдавать на стойку для хрупкого и габаритного багажа (куда всякие лыжи сдают).