Первый раз собираюсь с женой в Японию. Подскажите по визе, жена самозанятая, но доход не большой. Есть ли смысл делать справку о доходах (

Она может податся как и самозанятая но со спонсорским письмом. Если есть письмо то свои доходы подтвержать не нужно.

Если есть занятость, не стоит ее скрывать. Наличие самозанятости можно легко проверить, если это сделают в консульстве, возникнут вопросы, зачем вам лишние проблемы?