Подскажите пожалуйста можно ли с внутренним паспортом рф осуществить такой маршрут - РФ авиа в Алматы, наземный переезд в РК, вылет из Бишкека в РФ.

Только "КР", а не "РК". Формально вы должны предъявлять при пересечении границы РК-КР - загран РФ. В реале здесь с неделю назад обсуждалось может пройти и внутренний. Но разговор был о земле. А вот как по воздуху, где контроль жестче - вопрос. Я бы не рисковал, если загран есть.