Скажите, а кто-нибудь сталкивался с ситуацией, когда загранпаспорт не готов, а билеты в Японию уже пора покупать?

На зарубежный рейс вы по внутреннему паспорту не купите. Ну точнее купите, вы можете любые данные ввести вообще, хоть рандомные, но он будет недействительным, не вашим

На сайтах зарубежных авиакомпаний зачастую номер паспорта не требуют.

А так поменять данные можно, но это платно обычно. Можете узнать сколько, возможно цена не стоит того.

Номер паспорта ак меняет по запросу бесплатно. Но если накосячите в транкрипции фио из паспорта - билет может превратится в тыкву без возврата денег.