Такой вопрос к тем кто пользовался службами транспортировки багажа в Японии — там есть какие-то ограничения по времени хранения багажа в отеле куда ты багаж отправил?

Индивидуально. Уточните в отеле

Мы отправляли багаж из Токио в Киото, сами три дня были в Хаконе, по приезду чемоданы ждали на ресепшене отеля.

Так что это возможно, предупреждайте сразу при отправке

Вы когда заполняете квитанцию по отправке, указываете в какой день багаж должен быть в отеле в другом городе.