Подскажите пожалуйста если я лечу в Санью транзитом через Шанхай, при заполнении миграционной карты какой указывает номер рейса- шанхай-санья, или тот номер по которому я прилетела в Шанхай?

Тот на котором прилетаете в Китай, шанхайский. Там дальше будет возможность указать где вы будете пребывать бОльшее количество времени и гостиницу с адресом.

указываете рейс прилета в страну и рейс вылета из страны