Я планирую находиться в шенгене 2 недели, из них 9 дней в Болгарии и 5 в Румынии, прилетаю в Софию, улетаю из Бухареста. Нормально подавать на визу Болгарии?

С точки зрения визового кодекса маршрут нормальный, и консульство Болгарии для подачи выбрано правильно.

Консул смотрит на ваши документы, если они выглядят правдоподобно, и у него не возникнет сомнения в обосновании вашей цели визита, то проблем с получением визы не должно быть.