Подскажите, в ВЦ могут отказать в приеме документов на визу в Японию, если по их мнению будет чего-то не хватать или будет некорректно заполнено? Или они лишь дают рекомендации?

Да, они первый фильтр консульства, поэтому, если чего-то не будет хватать, то не примут документы. В другой день подадите или, если есть небольшие ошибки, на месте дадут поправить или за деньги предложат вам помочь.

Они сразу скорее всего скажут, и скорее всего скажут идти в другой день. Если мелкая ошибка в анкете, то там исправят