Лечу в Лиму через Испанию, Мадрид ( без повторной регистрации, 5 часов пересадка).

А вы в город будите выходить? Или там транзитная зона? Может вам в консульство подъехать если вы из Москвы? Расскажу историю. Знакомый летел через лондон. У него не было английской визы. Но у него внж в Эстонии. Терминалы оказались не рядом. Нужен был выход в город. И ему английский пограничники сделали вмзу на один день. Билеты через час были из Лондона в Испанию. Поэтому лучше спросить в консульстве.

По идее транзит можно проходить с любмы шенгеном

То что не будет франции может только как-то повлияет если опять будете подавать по францию в следующий раз