Подскажите пожалуйста, я купила машину в рф, зарегистрировала ее там, ездила, потом уехала в Литву, получила вид на жительство в Литве, машина сейчас с литовскими номерами, но регистрацию в рф оставила.

Тут не хватает нескольких вводных:

1. Какой у вас статус. Прописка рф есть? Есть нет более 12 месяцев то все ок можете ехать на ес номерах с временным ввозом без доплат.

2. Какие есть документы/номера на машину?

Если машина только на ес номерах то это иностранный автомобиль который подлежит таможенному оформлению. Если есть и рф номера то это зарегистрированный в рф автомобиль, просто поменяйте номера на нейтральной зоне.

ПС это лишь мои догадки, точно вам скажет сотрудник таможни по настроению