Подскажите, если путешествовать по ЕС, там как-то отслеживается, сколько дней в какой стране я буду? Если поеду с визой Испании, и там проведу не бОльшую часть поездки - об этом узнают?

Боюсь спросить, как они это отследят. Если вас не остановит полициейский на улице - то никак

Между странами шенгена не отслеживают. Есть штамп о прилете в страну шенгена и штамп о вылете. Сколько вы будете в Испании никто не будет высчитывать.

При пересечении границы проверяют паспорт (по крайней мере из некоторых стран в некоторые страны) А если проверяют то, могут и отследить Другое дело, какие будут последствия, но это другой вопрос

Нет , не отслеживают, если вы въезжаете и выезжаете через Испанию. Перелёты между странами похожи на наши внутренние рейсы . Паспорт никто специально не смотрит.