Подскажите пожалуйста, если регистрация в другом регионе, а подаваться на визу Испании хочу через Москву, это в какой визовый центр идти ?

Ну если подаваться через Мск то и визовый центр в Мск , он один там. Город, где живёте, должен быть в соответствующем консульском округе, проверьте