Подскажите, пожалуйста, если я лечу в Японию на 16 дней ( с 12 по 28)

Если вы влетаете в Японию 12 числа, а вылетаете 28, то в анкете пишете 17 дней, а виза, полагаю, будет на 30

после одобрения визы у вас будет 90 дней на пересечение границы.

если вы попросите 16 дней включительно и меньше - дадут 15 дней внутри (но можно быть 16 дней, да)

попросите 17-31 день - дадут 30 дней

количество дней сколько вы просите = количество дней по билетам, которое вы будете внутри

если вы попросите 16 дней включительно и меньше - дадут 15 дней внутри (но можно быть 16 дней, да)

попросите 17-31 день - дадут 30 дней

Вы имеете право пересечь границу даже в последний день действия визы и тогда запускается параллельный отсчёт в пятнадцать или тридцать дней

Вне зависимости от того на какие даты вы запрашивали визу изначально)