Подскажите плиз, в Японии я просто открываю письмо с ваучером на jr pass и показываю его на вокзале, чтоб проездной активировать?

Нет, надо менять на физический в автомате или офисе, если ничего не изменилось. И потом места резервировать. В правилах должно быть написано

Карту, которой оплачивали в автомат. И получаете. Или идти в павильон в очередь. Если общий jr pass то там ограниченное количество станций где можно получить