Хочу посоветоваться: я еду в Японию на 9 дней ( на 7 полных дней, тк прилетаю поздно вечером , а вылетаю в 8 утра).

Почти. Я вот лечу в Осаку (рядом с Киото), чтобы потом улететь из Токио. В вашем случае лучше наоборот (минус один долгий переезд).

На мой взгляд полтора дня на Киото это очень мало, но в целом план осуществимый

Не вижу смысла. 7 дней на Японию и так практически ничто, а если ещё и на дорогу туда и сюда тратить, то ещё меньше выйдет.

Лучше съездить по соседним с Токио городам.

В камакуру, никко, йокогаму рядом можно

У нас последний день сборка чемоданов. Точнее утрамбовывание) все выпотрошить, скомпоновать. Раскидать по весам. Проверить ничего ли не забыли. Поспать часа 4. В 5 утра трансфер