Штамп о въезде в Швейцарию, Цюрих есть, а при прохождении паспортного контроля обратно - штамп о выезде из зоны шенгена не поставили. Это нормально? Не будет никаких последствий?

Тут разные варианты: а) вы просто не увидели штамп б) офицер внес в систему но штамп не поставил в) вы не покидали зону шенгена. Если ни один из этих вариантов - последствий никаких не будет, кроме тех, что связаны с формальным продолжением нахождения в зоне шенгена либо с нелегальным покиданием этой зоны.

с сегодняшнего дня ввели как раз систему, штампы не ставят