Подскажите, пожалуйста, можно прилететь с Краснодара в Ереван по внутреннему паспорту РФ, а улететь в это же день в Тиват(Черногория) по биометрическому Українскому паспорту. И возвратиться таким же образом?

можно, максимум вопросы на границе могут задать зачем такие сложные финты

Можно, при вылете из Армении возможно попросят ещё показать паспорт, по которому попали в страну.

PS И можно из Краснодара вылететь в Ереван по внутреннему РФ, а в Ереване при прилёте сразу уже предъявить украинский.