Скажите пожалуйста, как можно позвонить из Японии в консульство в Москву?

Вам не предупредить консульство нужно, а продлевать визу. Либо с авиакомпанией связаться и поставить в известность о том, что виза заканчивается, пусть ищут для вас другой вариант.

По какой причине не посадили, у вас овербукинг был? Надо было сразу в аэропорту авиакомпанию и предупредить, велика вероятность, что они не стали бы связываться с вашей проблемой и посадили бы.