Подскажите, отказ ли это, если немцы на неделю раньше отправили паспорт с шенгенской визой.

Не обязательно, у нас слишком мало кейсов, чтобы такие корреляции вычислять.

Но если статус уже сменился на "едет из консульства", проверяйте чаще - скорее всего сегодня в обед уже будет в tls

(письмо при этом может с запозданием на час-два прийти, надёжнее проверять именно в личном кабинете)