Первый раз в жизни летим с пересадкой. В 9 вечера вылетаем из Саньи в Шанхай, Завтра в 11:40 летим из Шанхая в Москву.

Да, можете. Просто как вернетесь в аэропорт, нужно будет повторно проходить паспортный контроль и досмотр.

Если багаж зарегистрировали сразу до Москвы, тогда с ним ничего не нужно делать дополнительно)

только вам имеет смысл гостиницу около аэропорта бронировать: прилетаете поздно, улетаете рано, а нужно время на поспать.