Подскажите, а это нормально, что Appointment letter пришел, но на сайте Отследить заявку по референс-номеру пишет Invalid application?

отследить заявку - это уже после подачи и там номер с квиточка

Да. Вам в визовом центре выдадут другой номер, по нему и будете отслеживать. По указанному в appointment letter - ничего не отслеживается.