Подскажите, пожалуйста, если я заполнила вфс глобал на один загранпаспорт, но на момент подачи на визу во Францию приду с другим, меня не примут? можно ли как-то до приема поменять номер в записи?

На вход 1 паспорт, в анкету укажите с которым подаваться будете

Можете запись в ВЦ оформить на один паспорт, в анкете на визу указать другой, в нём и будет виза. В ВЦ приходите с двумя паспортами. Если пытаетесь записаться на 5 летний паспорт, есть риск, что запись аннулируют, но успешные кейсы тоже были.