Подскажите пожалуйста имеет ли смысл билеты заранее брать на поезда внутри Японии во время сакуры?

Не особо. Если только на пятницу или воскресенье, на туристические поезда или в фестивальные города (например, в Такаяме фестиваль будет, на Хида Экспресс лучше заранее брать)