В Токио буду брать билет на синкансен, там цена зависит от того сколько чемоданов с собой?

Брали билет, вообще про чемоданы не упоминали.

Если они у вас очень большие, размера L, на полку вы их вряд ли уместите. Тогда надо резервировать спец место под чемодан, но это не стоит ничего

Даже L помещаются на полку