Сын едет в Японию по молодёжному обмену, и в его информационном письме написано, что вывоз из Японии наличных денег в сумме больше 100.

Отправят тратить в аэропорту. Ну или если он заявит большую сумму, то могут на него шикнуть и намекнуть, чтобы изменил свой ответ.

Да, нельзя больше 100 000¥ вывозить, если конечная точка РФ. Можно потратить в дьюти фри спокойно лишнее, хоть на ту же сувенирку

Таких случаев было 2, кажется, за несколько лет. При этом люди сами вытащили все свои деньги. В одном случае попросили оставить деньги у провожающих, во втором вроде отправили тратить излишки в дьюти фри. Обычно просто спрашивают остаток устно. Реже просят достать кошелёк.