Получили гражданство Молдовы в прошлом году по рождению ( я и сын) через посольство в Москве. Перереги сделали. Осталось получить загран паспорта.

Вообще да. Но в Молдове закрывают на это глаза, если по решению суда ребенок останется жить с матерью....в посольстве - без понятия

Обязательно сделайте согласие отца ребёнка. Во избежание возможных проблем в будущем.