Если гражданину Грузии находиться в России после 90 дней, что будет? Обратно домой, штраф, оплаты?

Штраф точно будет. А вот разрешение на въезд ограничат в дальнейшем или как, это нужно смотреть на официальном сайте федеральной миграционной службы. Там сроки должны быть и про нарушении тоже должна быть информация

Штраф в любом случае и домой, если не ухал и опять попался то снова штраф и депортация