Подскажите, пожалуйста, если у нас куплены билеты Париж-Стамбул-Москва в одном заказе на агрегаторе , но каждый билет имеет собственный номер брони и номер билета, то если мы не являемся на первый сегмент, второй же не сгорает?

Как я понял у вас разные PNR на каждый сегмент? Поэтому летите как нравится, абсолютно не связанные перелеты.

Я бы уточнила в авиакомпании

Да, второй не сгорает в таком случае. Если разные PNR, у вас 2 абсолютно независимых билета