Стоит ли покупать jr pass, если планируется передвигаться только между осакой, киото и нарой + на метро?

Нет Но можете посмотреть Kansai pass или Kansai mini

можно, но только не главный) а как уже написали Kansai mini pass. Это ведь тоже jrовский пасс, просто не самый главный.

но он имеет смысл если вы прям из Осаки\Киото хотите ездить везде, и хотите ещё в Кобе, например. посчитайте маршруты через гугл, если выгода в 500 йен, то особо смысла нету, без пасса будет больше вариативность дорог