Подскажите, пожалуйста, планирую остановиться у подруги, которая снимает квартиру в Токио все официально, если укажу адрес этой квартиры, а не отель , проблем не будет?

Не стоит светить подругу. Тогда скажут, что у вас не "туристическая поездка", а в "посещение родственников и знакомых". А это уже другая виза с другими документами.

Лучше вообще никак подругу не упоминать. Укаазывайте только отель.