Подскажите пожалуйста пропустят ли через границу Россия-Эстония студентку с германской визой Д ( национальная виза)? Виза проставлена в пятилетний паспорт, но с собой будет новый десятилетний паспорт без визы?

Да, можно так ехать.

С собою, как и обычно - основания, по которым Вам одобрили визу D, и, если актуально, документы, подтверждающие активный учебный статус, напр. Anmeldung für Lehrveranstaltungen; Erfolgsnachweis o.a.