Подскажите, если у меня есть и билеты, и жилье, и страховка, не стоит все прикладывать на японскую визу, хватит только билетов? или можно все вложить на всякий случай?

Билетов хватит. Остальное не нужно

Жильё и страховка нужны вам, а консульские работники очень раздражаются, если видят лишние бумаги. Всё должно быть строго по списку и в том же порядке сложено, как в списке.