Подскажите пожалуйста, куплены билеты со Стамбула чек ин пройден , на один паспорт , а в Казахстан хочу въехать по другому .

Пропустят. Билеты и перелёт пограничников не касаются. Важно только то, что документ, который Вы предъявите на погранконтроле формально позволял Вам пересечь границу. В крайнем случае , если погранец попросит посадочный и задаст вопрос на данную тему, можно спокойно сказать, что, скажем, Вам так удобнее или что-то аналогичное.