Подскажите, на какой пункт лучше поехать для прохождения границы Литвы и РФ чтобы попасть в аэропорт Калининграда. Может быть есть трансфер с какого то пункта?

Без разницы. Очередей пешком нет ни там, ни там. В Советске - Панемуне идти меньше по границе. И до Калининграда ехать ближе. В Кибартае граница пешком закрыта на ночь. В Советске вроде сейчас круглосуточно, но уточните обязательно,информация неточная (!!!). Трансфер есть и оттуда, и оттуда. Но заказать желательно заранее.